南医三院妇产科是医院重点专科，获评国家PAC培训基地、广东省CINV规范化管理示范病房、广东省四级腔镜手术培训基地、广东省先进女职工团体、南粤女职工文明岗。学科门类齐全，妇科包括普通妇科、微创妇科、妇科肿瘤、计划生育、助孕专科等亚专科，拥有成熟的宫腔镜、腹腔镜技术；产科包括生理产科、病理产科及胎儿医学中心等亚专科，具备成熟的孕产妇管理体系。现有在职医护人员95人，其中医师37人，护理及其他人员59人。教授、主任医师5名，副教授、副主任医师8名。

妇科以内镜微创（腹腔镜、宫腔镜）为特色，涵盖普通妇科、妇科肿瘤、妇科内分泌、计划生育、不孕不育、盆底功能障碍、妇科整形等亚专科，可开展腹腔镜下广泛全子宫切除术及盆腔淋巴清扫、卵巢囊肿剔除术、子宫肌瘤剔除术等腹腔镜下各级手术；宫腔镜检查术、宫腔镜下子宫内膜息肉切除术、宫腔镜下粘膜下子宫肌瘤剔除术、宫腔镜下子宫粘连分离术等各级宫腔镜手术。

产科分为生理产科、病理产科及优生优育咨询中心，是广州市重症孕产妇救治中心，已开展优生优育遗传咨询、助产咨询、母乳喂养咨询、营养指导、无创DNA检测、外周血染色体核型分析、宫颈环扎术、臀位外倒转术、无痛分娩、自由体位分娩、陪伴分娩、产后康复、产前诊断（早孕绒毛取样、中孕羊水取样、晚孕脐带血取样及胎儿基因芯片检查等）、超声胎儿宫内诊断、疑难杂症会诊等特色项目。